Overview 做项目时出现过某些蛋白质序列出现O或者X等情况，导致计算出的PSSM矩阵也有问题。今天又遇到这种情况，在比对文件的时候，用到了两条文件操作的linux命令，记录一下。其他更多的内容参考之前Chris写的另一篇文章生物信息中常用的Linux命令。 1. 按顺序合并文件 普通的合并文件可以直接用一个cat命令，而按顺序合并多个文件必须遍历这些文件，逐个合并。命令如下： for...阅读全文>>

Overview 一直想把常用的命令搜集起来，以便平时用到的时候查阅，可惜一直没抽出来时间专门整理下。最近在做序列的特征提取和多个特征文件合并时，频繁使用到了一些命令，干脆一并整理到这里，以后边用边添加整理新的命令。 这里的linux命令主要在MAC 10.9.5和Ubuntu 14.04下测试，涉及到平台差异性的时候，会尽量指出来，没有区分的话就表示两种平台下都可以使用。如果仍有没涉及到...阅读全文>>

Overview 在CKSAAP(Compositon of k-spaced Amino Acid Pairs)方法中，利用在蛋白质序列片断中k个间隔距离的残基对(residue pairs)在该序列中的组成比例，建立数学模型，提取出特征向量，从而达到预测泛素(Ubiquitin)的目的。 残基(residue)和泛素(Ubiquitin)信息详见维基百科：残基和泛素，这里就不赘述了。 ...阅读全文>>

Overview 最近需要用到数个Python程序处理蛋白质序列以输出特征值，而这些Python文件需要在Shell脚本中传入文本文件（该文本文件记录了某些蛋白质序列）做参数，进而依次被Shell调用。我们在Java程序中建立Shell脚本的运行时环境Runtime，这其中用到了一个类，即java.lang.Runtime，下面对该类进行探讨和记录。 1.直接运行Shell命令 java....阅读全文>>